L’histoire dit que l’abbé Sequanus qui aurait donné son nom à l’église puis au village serait le descendant d’un prêtre de la déesse Sequana à l’origine du nom du fleuve qui arrose Paris. Les vestiges d’un ancien temple gaulois ont été découverts près de la source de la Seine.

Après les grandes invasions des VI°, VII°, VIII° siècles, l’empereur Charlemagne confirme, en 805, les droits de l’abbaye de Bèze sur l’église de Saint Seine mais de nouvelles invasions vont ruiner l’ancienne chapelle.

Ce n’est qu’à partir du XIII° siècle qu’on reconstruira l’église telle qu’elle se présente aujourd’hui. Elle sera pourtant encore mise à mal en 1636 par les troupes du Duc Charles de Lorraine puis par celles de Gallas conduisant les prussiens vers Champlitte. Son clocher restera éventré pendant plusieurs années simplement protégé par de la paille. Reconstruite elle constitue désormais un précieux témoignage de l’architecture romane bourguignonne du XIII° siècle. Dans les bourgs et les campagnes l’architecture accusait souvent un retard d’un demi siècle sur celle des villes. L’aménagement des abords, en 1851, lors du percement de la route de Gray, a mis en valeur l’édifice par la réalisation de deux étages de gradins et des murs d’enceinte.

   Le vitrail du chœur date de 1896, il est l'œuvre de M. DIDON, il représente le
   calvaire avec au sommet Dieu, en dessous l’abbatiale de Saint-Seine-l’Abbaye,
   le château de Rosières, le Château de Saint-Jean-d’Acre, l’église de Saint-Seine
   et le château de Mémont. Les personnages représentés sont : Sainte-Clothilde,
   Sainte-Anne, un paysan, Saint Bénigne, Saint-Seine et un forgeron.

   Dans le bras Sud du transept une remarquable statue du XV^ème siècle représentant un Christ enchaîné, Dieu de Pitié ou Homme de Douleur (pierre haute de 1,35 m)
   " Presque droit…. Le Christ indifférent à l’état lamentable de son corps, s’abîme dans une méditation douloureuse " (De SLUTER à SAMBIN ouvrage de Henri  David).

Au même endroit dans un vitrail aux couleurs bleutées, datant de 1926, une Vierge et son Enfant, sur fond blanc, se penche sur les grands événements de notre histoire:
- 1429: Jeanne d’Arc au siège d’Orléans
- 1595: bataille de Fontaine-Française
- 1870: guerre franco-allemande
- 1914: première guerre mondiale.

Deux des trois cloches ont été baptisées : " Françoise " pour celle installée en 1706 et " Bénigne-Marie " pour celle de 1752. La troisième sera mise en place en 1891.

1895-1896: construction de la nouvelle sacristie.

1913: classement parmi les monuments historiques.

 

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